বাংলাদেশ ইসলামী ছাত্রশিবির-এর চট্টগ্রাম মহানগর দক্ষিণ শাখার যাত্রা শুরু হয় ২০০৪ সালে। কেন্দ্রীয় কার্যকরী পরিষদের সিদ্ধান্তের ভিত্তিতে ২০০৪ সালের শুরুতে চট্টগ্রাম মহানগরী শাখাকে পুনর্গঠন করে দুটি পৃথক সাংগঠনিক শাখায় বিভক্ত করা হয়—চট্টগ্রাম মহানগর উত্তর ও চট্টগ্রাম মহানগর দক্ষিণ, যা উভয়ই সদস্য শাখা হিসেবে কার্যক্রম পরিচালনা করে আসছে।
প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকে এ শাখা মহানগরের দক্ষিণাঞ্চলে ছাত্রসমাজের মধ্যে আদর্শিক চেতনা, নৈতিক মূল্যবোধ এবং নেতৃত্ব বিকাশে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা রেখে চলেছে। একটি সুসংহত সাংগঠনিক কাঠামোর অধীনে থানা -ওয়ার্ড-উপশাখা পর্যায়ে কার্যক্রম পরিচালনার মাধ্যমে সংগঠনটি তৃণমূল পর্যন্ত তার কার্যক্রম বিস্তৃত করেছে।
২০০৪ সাল থেকে বর্তমান সময় পর্যন্ত এ শাখার চারজন শহীদ রয়েছেন, যারা সংগঠনের ইতিহাসে আত্মত্যাগের উজ্জ্বল দৃষ্টান্ত স্থাপন করেছেন। ৫ ফেব্রুয়ারি ২০১৩ তারিখে শহীদ ইমরান ও শহীদ আবিদ বিন ইসলাম শাহাদাত বরণ করেন। পরবর্তীতে ২৮ জানুয়ারি ২০১৫ তারিখে শহীদ মুহাম্মদ সাকিবুল ইসলাম শাহাদাত বরণ করেন। সর্বশেষ ১৬ জুলাই ২০২৪ সালে শহীদ ফয়সাল আহমেদ শান্ত জুলাই গণঅভ্যুত্থানের অন্যতম শহীদ হিসেবে শাহাদাত বরণ করেন।
ভৌগোলিক দিক থেকে চট্টগ্রাম মহানগর দক্ষিণ শাখার অবস্থান অত্যন্ত গুরুত্বপূর্ণ। এর পশ্চিম ও দক্ষিণ-পশ্চিমাংশে বঙ্গোপসাগর অবস্থিত। দক্ষিণাংশে রয়েছে বঙ্গোপসাগর ও কর্ণফুলী নদীর মোহনা এবং পূর্ব ও দক্ষিণ-পূর্বাংশে কর্ণফুলী নদী প্রবাহিত হয়েছে, যা এ অঞ্চলের ভৌগোলিক বৈশিষ্ট্যকে বিশেষভাবে সমৃদ্ধ করেছে।
ভৌগোলিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ এই অঞ্চলে চট্টগ্রামে প্রবেশের অন্যতম প্রধান প্রবেশপথ সিটি গেইট অবস্থিত, যা মহানগরের সাথে দেশের অন্যান্য অঞ্চলের সংযোগে গুরুত্বপূর্ণ ভূমিকা পালন করে। পাশাপাশি, দেশের বাণিজ্যিক রাজধানী ও বন্দরনগরী হিসেবে পরিচিত চট্টগ্রামের গুরুত্বপূর্ণ বন্দর এলাকা এই শাখার আওতাভুক্ত।
এ অঞ্চলে দেশের প্রধান আমদানি-রপ্তানি কার্যক্রম পরিচালনাকারী কাস্টমস কর্তৃপক্ষ, শিল্পায়নের অন্যতম কেন্দ্র এক্সপোর্ট প্রসেসিং জোন (ইপিজেড)সহ বিভিন্ন অর্থনৈতিকভাবে গুরুত্বপূর্ণ স্থাপনা বিদ্যমান। ফলে জাতীয় অর্থনীতি, শিল্প ও বাণিজ্যিক কার্যক্রমের ক্ষেত্রে এই শাখার ভৌগোলিক অবস্থান বিশেষ তাৎপর্য বহন করে।
এই শাখা্র এরিয়ায় রয়েছে- চট্টগ্রাম ভেটেরিনারি ও এনিম্যাল সাইন্সেস বিশ্ববিদ্যালয়, সরকারি সিটি কলেজ, সরকারি কমার্স কলেজ, বাইতুশশরফ আদর্শ কামিল মাদ্রাসা সহ অনেক গুরুত্বপূর্ন শিক্ষা প্রতিষ্ঠান সমূহ।
ছাত্রশিবির চট্টগ্রাম মহানগর দক্ষিণ শিক্ষামূলক, দাওয়াতি, সামাজিক ও মানবিক কার্যক্রমের মাধ্যমে ছাত্রসমাজের সার্বিক উন্নয়নে কাজ করে যাচ্ছে এবং একটি আদর্শভিত্তিক, কল্যাণমুখী সমাজ গঠনে অগ্রণী ভূমিকা পালন করছে।