কেন্দ্রীয় ছাত্রকল্যাণ বিভাগ সংগঠনের ভেতরে সহযোগিতা, সহমর্মিতা এবং দায়িত্ববোধকে বাস্তব রূপ দেয়। প্রতিটি শাখায় ছাত্রকল্যাণ বিভাগ সক্রিয় আছে কি না তা নিশ্চিত করা, শাখার সদস্য, সাথী এবং যোগ্য দায়িত্বশীলদের এই বিভাগের সঙ্গে যুক্ত করা এবং যেকোনো বিপদাপদে তাৎক্ষণিক তদারকি করা, এগুলোই বিভাগের মূল দায়িত্ব।
জনশক্তিদের পাশাপাশি সাধারণ শিক্ষার্থীদের জন্য ষ্টাইপেন্ড, দরিদ্র শিক্ষার্থীদের শিক্ষাসহায়তা এবং জরুরি সহায়তা তহবিল গঠনসহ ব্যবহারিক প্রয়োজনের ক্ষেত্রেও তারা সক্রিয় ভূমিকা পালন করে। ছাত্রকল্যাণ বিভাগের একটি বড় দায়িত্ব হলো শহীদ পরিবারের প্রতি বিশেষ যত্ন ও সম্মান বজায় রাখা। প্রতিটি শাখা তাদের এলাকার শহীদ পরিবার, আহত কর্মী বা সংকটে থাকা ভাইদের তালিকা সংগ্রহ করে স্থানীয়ভাবে সহযোগিতার উদ্যোগ নেওয়া, ঈদ বা বিশেষ দিনে উপহার পৌঁছে দেওয়া, প্রয়োজনীয় চিকিৎসার ব্যবস্থা করা এবং স্থায়ীভাবে স্বচ্ছল হওয়ার পথে সহায়তা করা, এগুলো এই বিভাগের দৈনন্দিন কাজের অংশ।
শহীদ পরিবারের সদস্যদের সঙ্গে নিয়মিত যোগাযোগ রাখা এবং শহীদের স্মৃতি রক্ষার জন্য প্রামাণ্য নথি, সংক্ষিপ্ত জীবনী বা বই সংরক্ষণ করা হয়। কেন্দ্রীয় ছাত্রকল্যাণ বিভাগ সংগঠনের মানবিক ও দায়িত্বশীল সত্ত্বাকে শক্ত ভিত্তিতে স্থাপন করে।