স্কুল ছাত্রদের মাঝে ইসলাম ও ইসলামী আন্দোলনের দাওয়াত পৌঁছে দিয়ে ইসলামী মূল্যবোধের ভিত্তিতে তাদের নৈতিক চরিত্র গঠন এবং মেধা বিকাশে কার্যকরভাবে সহযোগিতা করার মাধ্যমে আগামীর স্বপ্নের বাংলাদেশ গড়ে তোলাই ছাত্রশিবিরের স্কুল কার্যক্রম বিভাগের মূল লক্ষ্য ও কাজ। এই লক্ষ্য বাস্তবায়নে আকর্ষণীয় ও সময়োপযোগী ক্যারিয়ার গাইডলাইন প্রোগ্রাম, ক্রিয়েটিভিটি সার্চ কার্যক্রম, শিক্ষাবৃত্তি ও মেধাবৃত্তি প্রকল্প, শিক্ষামূলক ও প্রশিক্ষণমূলক ক্যাম্প আয়োজন, ক্রীড়া প্রতিযোগিতা এবং বিভিন্ন সৃজনশীল কার্যক্রম পরিচালনা করা হয়।