কেন্দ্রীয় মাদরাসা বিভাগ মাদ্রাসা ছাত্রদের বুদ্ধিবৃত্তিক ও নৈতিক বিকাশের জন্য নানান উদ্যোগ গ্রহণ করে। মাদ্রাসা শিক্ষার্থীদের নিয়ে পাঠ্যপুস্তকভিত্তিক মডেল টেষ্ট, কুইজ, রচনা, বক্তৃতা এবং আয়াত-হাদিস মুখস্ব প্রতিযোগিতা আয়োজন করা হয়।

আলিম, দাখিল বা কওমি মাদ্রাসার ছাত্রদের জন্য আরবি ভাষা কোর্স, শরহ ও নাই ফিকহ বিষয়ক সংক্ষিপ্ত কোর্স এবং উচ্চশিক্ষা-পূর্ব প্রস্তুতি সেশন আয়োজন করা হয়। মেধাবী শিক্ষার্থীদের নিয়ে সংবর্ধনা, বিশেষ দিকনির্দেশনা বা পরামর্শ প্রদান করায় এই বিভাগের কাজ।

সব মিলিয়ে, কেন্দ্রীয় মাদরাসা কার্যক্রম বিভাগ দাওয়াত, শিক্ষা, চরিত্র গঠন এবং সাংগঠনিক বিকাশকে একত্রে সমন্বয় করে একজন শিক্ষার্থীকে দক্ষ ও চরিত্রবান হিসাবে গড়ে তুলে।