কেন্দ্রীয় পাঠাগার বিভাগ সংগঠনের জনশক্তিদের ও শিক্ষার্থীদের পাঠাভ্যাস গড়ে তোলার জন্য কাজ করে। এর মধ্যে রয়েছে ল্যান্ডিং লাইব্রেরি, অনলাইন লাইব্রেরি, সাধারণ পাঠাগার এবং ডাম্যমাণ পাঠাগার। এসব পাঠাগারে কুরআন, হাদিস, চিন্তাশীল গ্রন্থ, ইতিহাস ও মনন সম্পর্কিত বই সংরক্ষণ করা হয়। পাঠচক্র, আলোচনাসভা আয়োজনের মাধ্যমে পাঠাভ্যাসকে একটি ধারাবাহিক চর্চায় রূপ দেয়া হয়।

শাখা পর্যায়ে পাঠাগারের সঠিক পরিচালনা নিশ্চিত করা, বই দেওয়া ও ফেরত নেওয়ার রেজুলেশন সংরক্ষণ করার মাধ্যমে পাঠাগারকে সক্রিয় রাখা বিভাগটির মূল দায়িত্ব। একই সঙ্গে বিভাগটি মসজিদভিত্তিক পাঠাগার ও সামাজিক পাঠাগারগুলোকে আরও কার্যকর করার জন্য স্থানীয় ইমাম, শিক্ষক এবং আগ্রহী পাঠকদের সঙ্গে সমন্বয় করে। অনলাইন পাঠাগারের সুবিধা বাড়াতে icsbook.info এর মতো ডিজিটাল প্ল্যাটফর্ম ব্যবহারে অনুপ্রাণিত করে।