সাতক্ষীরা শহর শাখা বাংলাদেশের সর্ব দক্ষিণে অবস্থিত সাতক্ষীরা জেলার সাতক্ষীরা পৌরসভা এবং সাতক্ষীরা সদর উপজেলার সমন্বয়ে গঠিত।
এই শাখাটির আনুষ্ঠানিক পথচলা শুরু হয় ২০০৬ সালে। সূচনালগ্ন থেকেই স্থানীয় ছাত্রসমাজের মাঝে ইসলামের আহ্বান পৌঁছে দিতে এটি সক্রিয় ভূমিকা পালন করে আসছে। সাংগঠনিক কাঠামোর দিক থেকে এটি একটি 'সদস্য শাখা' হিসেবে পরিচালিত হয়, যা এর শক্তিশালী জনশক্তি ও সুশৃঙ্খল কার্যক্রমের প্রতিফলন।
সাতক্ষীরা শহরের শিক্ষা প্রতিষ্ঠানগুলোতে সুস্থ ধারার ছাত্ররাজনীতি চর্চা এবং কুরআন-সুন্নাহর আলোকে সৎ ও দক্ষ নাগরিক তৈরি করাই এই শাখার মূল লক্ষ্য। আল্লাহর দ্বীন প্রতিষ্ঠার আন্দোলনে এই শাখার ইতিহাস ত্যাগের মহিমায় উজ্জ্বল। শহর শাখার আন্দোলন ও সংগ্রামে এ পর্যন্ত ৫ জন জনশক্তি শাহাদাত বরণ করেছেন। ৫ জন শহীদের রক্তস্নাত এই জনপদ শাখার প্রতিটি জনশক্তির জন্য এক অনন্য প্রেরণার উৎস হিসেবে কাজ করে।

মেধাবী ও দেশপ্রেমিক নেতৃত্ব গড়ার লক্ষ্যে এই শাখাটি নিয়মিত শিক্ষা সহায়তা, সাহিত্য সংস্কৃতি চর্চা এবং ক্যারিয়ার গঠনমূলক কর্মসূচি পালন করে থাকে।
আর্তমানবতার সেবা এবং প্রাকৃতিক দুর্যোগ মোকাবিলায় সাতক্ষীরা সদর এলাকার সাধারণ মানুষের পাশে দাঁড়াতে এই শাখার কর্মীরা সর্বদা অগ্রণী ভূমিকা পালন করেন। গত দুই দশকে সাতক্ষীরা শহর শাখা তার আদর্শিক বলিষ্ঠতা ও ত্যাগের মহিমায় এই অঞ্চলের ছাত্রসমাজের কাছে একটি আস্থার প্রতীকে পরিণত হয়েছে।