ইসলামী ছাত্রশিবিরের প্রতিষ্ঠালগ্ন থেকেই পাবনা শহর শাখা একটি গুরুত্বপূর্ণ সাংগঠনিক শাখা হিসেবে কার্যক্রম শুরু করে। শুরু থেকেই এই শাখা সাংগঠনিক কার্যক্রমে সক্রিয় ভূমিকা পালন করে আসছে। পাবনা সদর উপজেলা নিয়ে শাখাটি গঠিত।
পাবনা শহর শাখার প্রথম সভাপতি ছিলেন সাবেক কেন্দ্রীয় সভাপতি তাসনীম আলম। তাঁর নেতৃত্বে শাখাটি শক্ত ভিতের উপর দাঁড়ায় এবং সাংগঠনিক কার্যক্রম বিস্তৃত হয়। ১৯৯৭ সালে পাবনা শহর শাখা “সাথী শাখা” থেকে উন্নীত হয়ে “সদস্য শাখা”-তে পরিণত হয়, যা সংগঠনের জন্য একটি গুরুত্বপূর্ণ মাইলফলক। পরবর্তীতে সাবেক কেন্দ্রীয় সভাপতি মঞ্জুরুল ইসলাম পাবনা শহর শাখার সভাপতির দায়িত্ব পালন করেন এবং শাখার কার্যক্রমকে আরও সুদৃঢ় করেন।
বর্তমানে পাবনা শহর শাখার নেতৃত্বে রয়েছেন
সভাপতি: এস. এম. হাবিবুল্লাহ্
সেক্রেটারি: হাফেজ আব্দুর রশিদ
পাবনা শহর শাখার অধীনে থাকা পাবনা সরকারি এডওয়ার্ড কলেজ-এর সর্বশেষ ছাত্রসংসদ নির্বাচনে ইসলামী ছাত্রশিবির পূর্ণ প্যানেলে বিজয় অর্জন করে, যা সংগঠনের একটি গুরুত্বপূর্ণ সাফল্য হিসেবে বিবেচিত।