চাঁদপুর সদর উপজেলা ও হাইমচর উপজেলা নিয়ে গঠিত চাঁদপুর শহর শাখা ২০১০ সালে যাত্রা শুরু করে "চাঁদপুর শহর শাখা।
বাংলাদেশের দক্ষিণ-পূর্বাঞ্চলের গুরুত্বপূর্ণ জেলা চাঁদপুর-কে কেন্দ্র করে পরিচালিত একটি সক্রিয় সাংগঠনিক শাখা। মেঘনা ও ডাকাতিয়া নদীর মিলনস্থলে অবস্থিত এই শহরের শিক্ষা, সংস্কৃতি ও ধর্মীয় পরিবেশের সঙ্গে শাখার কার্যক্রম গভীরভাবে সম্পৃক্ত। শহরের বিভিন্ন বিশ্ববিদ্যালয়, কলেজ ও মাদরাসা এবং শিক্ষা প্রতিষ্ঠানে আদর্শিক চর্চা ও নৈতিক উন্নয়নে এ শাখা কাজ করে থাকে।
চাঁদপুর শহর শাখা নিয়মিত কুরআন তালিম কার্যক্রম, সাপ্তাহিক বৈঠক, সেমিনার ও সামাজিক উদ্যোগ পরিচালনা করে। রমজান, জাতীয় দিবস ও বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ উপলক্ষে তারা সচেতনতামূলক কর্মসূচি গ্রহণ করে। শিক্ষার্থীদের মেধা ও নৈতিক বিকাশে দিকনির্দেশনামূলক কর্মশালা আয়োজন করা হয়। দুর্যোগকালীন সময়ে অসহায় মানুষের পাশে দাঁড়ানো, রক্তদান ও সামাজিক সহায়তামূলক কার্যক্রমেও শাখাটি ভূমিকা রাখে। সাংগঠনিক শৃঙ্খলা, দায়িত্ববোধ ও পারস্পরিক ভ্রাতৃত্বের মাধ্যমে সদস্যদের গড়ে তোলা হয়।
বিভিন্ন আন্দোলন-সংগ্রামে ভূমিকা রাখতে গিয়ে এ শাখার ১ জন ভাই শাহাদাত বরণ করেন।