গোপালগঞ্জ বিজ্ঞান ও প্রযুক্তি বিশ্ববিদ্যালয়ে সংগঠন প্রতিষ্ঠাকালীন সময় থেকেই কার্যক্রম শুরু করে। গোপালগঞ্জ সদর থানার আংশিক এবং টুঙ্গিপাড়া নিয়ে গঠিত এ শাখা। প্রতিষ্ঠার পর থেকে ধারাবাহিকভাবে সাংগঠনিক কার্যক্রম পরিচালিত হয়ে আসছে এবং ধীরে ধীরে এর পরিসর ও কার্যকারিতা বৃদ্ধি পেয়েছে।
বিশেষ করে ২০১৬–১৭ সেশন থেকে সংগঠনের কার্যক্রম আরও গতিশীল ও বিস্তৃত হয়। এরই ধারাবাহিকতায় কেন্দ্রীয় সংগঠন ২০২৪ সনের ষান্মাসিকে এই থানা শাখাকে “সাথী শাখা” হিসেবে উন্নীত করে।
বর্তমানে এই শাখার অধীনে ১২টি থানা এবং ২৮টি উপশাখা রয়েছে। পাশাপাশি সংগঠনের লক্ষ্য ও আদর্শ বাস্তবায়নে সহায়ক হিসেবে বেশ কয়েকটি পার্শ্ব সংগঠনও সক্রিয়ভাবে কাজ করে যাচ্ছে।
গোপালগঞ্জ একটি আওয়ামী অধ্যুষিত এলাকা হওয়ায় এখানে সাংগঠনিক কার্যক্রম পরিচালনা করতে গিয়ে নানা চ্যালেঞ্জের সম্মুখীন হতে হয়েছে। এর মধ্যে উল্লেখযোগ্য হলো— শক্তিশালী বেইজ এরিয়া বা থানা ভিত্তিক সংগঠনের অভাব, অর্থনৈতিক সংগঠনের দুর্বলতা, বিশ্ববিদ্যালয়ে সংগঠনের সঙ্গে সম্পৃক্ত শিক্ষক ও কর্মকর্তার অনুপস্থিতি, এবং মুরব্বি সংগঠনের পর্যাপ্ত শক্তিশালী অবস্থান না থাকা।
এসব প্রতিকূলতা সত্ত্বেও সংগঠনের দায়িত্বশীল ও কর্মীরা দৃঢ় মনোবল, আন্তরিকতা ও ত্যাগের মাধ্যমে সংগঠনের কার্যক্রমকে এগিয়ে নিয়ে যাচ্ছেন এবং একটি শক্তিশালী সাংগঠনিক ভিত্তি গড়ে তোলার লক্ষ্যে নিরলসভাবে কাজ করে যাচ্ছেন।